2004年に独立行政法人海洋研究開発機構ができ、東大の海洋研究所に所属していた「白鳳丸」は移管された。約4,000ｔの大型の学術研究船で、様々な高性能研究設備を備え、10の研究室をもっている。近海、遠洋を問わず、長期間の多目的な研究、つまり海洋生物、地球物理化学、地震などの調査研究に使われている。その白鳳丸が有明西埠頭に停泊している。全長が100m、4000トンほどで、16ノットで航行する。
煙突に描かれているマークを見ると、東大マークに似た銀杏が一色で描かれ、「T」が入っている（1948年星野昌一名誉教授作図の「銀杏バッジ」が東大の旧マークで、本郷キャンパスの銀杏に由来するらしい）。銀杏のマークは2004年にでき、東大の英語名称表記が2013年、そして2024年に変更になっている。
＊最後の画像が今の東大マークの銀杏だが、白鳳丸のマークはTが入るだけでなく、銀杏の葉形も微妙に違っている。
