538年または552年、百済の聖明王が仏像と経典を日本に献上します。当初は蘇我氏（崇仏派）と物部氏（廃仏派）の対立があり、仏教の受容は政治的緊張を伴っていました。仏教は「蕃神（外国の神）」と捉えられ、日本の神々との関係が問われたのです。日本には既に自然崇拝や祖霊信仰を中心とした神道がありました。仏教は神道を否定せず、むしろ日本の神々を仏教的に解釈することで共存を図りました。この柔軟な受容が、後の神仏習合の下地になったのです。
本地垂迹（ほんじすいじゃく）説は神が仏の仮の姿であり、仏が人々を導くために神として現れたという思想で、八幡神＝阿弥陀如来、伊勢大神＝大日如来はその例です。この説により、神仏習合は思想的に体系化され、全国に広まります。神社と寺院が同じ敷地に存在する「神宮寺」や「社寺複合空間」が全国に広がり、民間信仰や祭礼においても、神道と仏教が融合した儀礼が行われるようになります。神仏習合は単なる宗教融合だけではなく、政治・社会・地域共同体の安定装置として機能しました。
さて、「神祇」は「天神地祇（てんじんちぎ）」の略で、天神は「あまつかみ」と呼ばれ、天上で生まれ、天上から降（くだ）った神のことで、地祇は「くにつかみ」と呼ばれ、地上に天降った神の子孫、あるいは地上で生まれた神のことです。「神」は「天神」を、「祇」は「地祇」を表し、「神祇不拝」とはそれら神々を拝まないことです。そして、その神祇不拝を主張した代表が親鸞で、当然ながら彼は神仏分離を主張します。
ですから、親鸞の教えに忠実な門徒であれば、他力本願の阿弥陀信仰を持つことと神社に祀られている神々を拝むことが両立しないと考えるのです。浄土真宗のような鎌倉新仏教は一神教に近い性格を持っていて、他の宗派とは激しく対立します。ですから、門徒が氏子になることはあり得ないというのが当たり前の筈なのですが、その後の歴史を見れば、そうはなっておらず、氏子の中に門徒がいてもおかしくないどころか、氏子と門徒は文句なく共存できるというのが現在までの実際の姿で、それは「神仏習合」と呼ばれてきた一例に過ぎません。
奈良時代以来、仏教と神道は習合しながら、互いを守り合ってきました。その具体的な姿が修験道であり、「…権現社」と呼ばれる神社です。明治になってそれが崩れ、仏教と神道は分離され、別々に拝まれることになりました。
死んだ人間や動物などの霊魂を神社に祀ると、そこに留まり、人々に幸せや不幸を与える力を持つと信じられている神が「実社の神」です。例えば、日光東照宮の徳川家康、明治神宮の明治天皇です。一方、「権社の神」は仏や菩薩が神として仮に現れていると解釈された神です。その解釈は本地垂迹説と呼ばれています。「本地垂迹」とは、仏が仮に神となって現れるということで、本地が仏、神が垂迹です。この教えを神社の神にあてはめて、日本の神を仏や菩薩の権現（ごんげん、仮の姿のこと）であるとしたものが、権社の神です。例えば、「八幡大権現」、「東照大権現」。でも、明治時代に神仏分離令が出され、現在は権社の神は消えました。神が人の勝手な都合で生まれたり、消えたりするとは何ともおかしな話で、およそ宗教らしからぬことですが、これは何も神道だけの話ではありません。宗教教義や宗教儀礼は人がつくり、人が変えてきたのです。
神道では、神社などで神を拝めば、一家が繁栄したり、商売が繁盛したり、病気が治ったりすると教えていて、私たちはそれに何となく従ってきました。そして、多くの人は欲望を満たすのが幸せだと思っています。生きている間に持つ欲望を一つ一つ満たしていけば、それで十分幸せだと思う人なら、それで十分なのですが、人の欲望は限りなく、それが不幸を生み出すと考える人もいて、その中の一人が親鸞だったのです。
財産、地位、名誉や家族ではなく、「後生の一大事」の解決によってのみ幸福になれると説くのが仏教です。仏教の目的は、後生の一大事の解決です。ところが、後生の一大事を解決する力があるのは阿弥陀如来だけですから、「後生の一大事をはやく阿弥陀如来に解決してもらいなさい」というのが教えになります。この「後生の一大事」とは、「生死を離れる」こと、つまり、「解脱する」こと、「ブッダになる」ことです。『歎異抄』にも「われもひとも、生死を離れんことこそ、諸仏の御本意」と述べています。
したがって、親鸞の教えを信じる門徒であれば、どの門徒も神祇不拝で、後生の一大事の解決を目指すことになる筈なのです。ですが、その筈は実現するどころか、寺と神社が共存する生活世界ではほぼ誰も実現を望まないのです。
信教の自由が認められている世界では寺院と神社が共存している風景は珍しいことではなく、それぞれの信者が寺院と神社を別々に維持しているだけのことで、何の不思議もありません。ところが、門徒がほぼ独占状態の妙高市（新潟県）でも他と同じように共存している訳です。妙高市には神社は僅かしかないというのが真面目な門徒の住む妙高市の姿の筈なのですが、そんなことはなく妙高市の神社の数や祭りは近隣の町と何ら変わりはないのです。ですから、これが神仏習合の実際の姿だと見極める必要がありそうです。つまり、論理的にはあり得ないのですが、「真面目な門徒は真面目な氏子である」ことが真であり、それが日本の神仏習合の実際の姿なのです。
親鸞は神仏習合の宗教状況の中に生きながらも、阿弥陀仏への専念を通じて神祇信仰（日本の古代からある天の神と地の神（天神地祇、神祇）を対象とした信仰の形態）を相対化し、独自の神祇観を示しました。彼の仏教は神仏習合の枠組みを受け入れつつも、それを超える「念仏者の救済」を中心に据えています。親鸞は神祇を「善鬼神（仏道修行者を守護する超人的な存在）」と位置づけ、『御和讃』で「天神地祇はことごとく善鬼神となづけたり」と記し、神々は念仏者を守護する存在であると捉えました。これは神々を否定するのではなく、阿弥陀仏の救済のもとに位置づけることで、神仏習合的な世界観を再構成したものです。門弟・平太郎が熊野社参詣をめぐって親鸞に相談した際、親鸞は「熊野権現は阿弥陀如来が仮に現れた姿」と説明。これは本地垂迹説に基づく解釈であり、親鸞が神仏習合説を用いて念仏者の信仰を守った例です。親鸞は神祇信仰を「迷信」や「雑行」として批判する一方で、神々が念仏者を守る存在であるとする「護念」思想も展開しました。これは神仏習合の宗教状況に対する柔軟な対応であり、排除ではなく再解釈による超越を目指した姿勢です。
親鸞以降の真宗教団では、神祇との関係をめぐって「不拝」や「護念」の立場が分かれ、地域によって神仏習合的実践が残存します。近世には真宗寺院でも神棚や神事が行われる例があり、親鸞の思想と民間信仰の間で折衷的な展開が見られます。
